沿革
昭和34年 ４月 鳥取市富安に菌蕈研究所（３研究室）を設立し、東京教育大学教授平塚直秀博士が所長に就任した。
昭和36年11月 菌蕈研究所研究報告第１号を発刊した。
昭和41年 ９月 農林省告示第１，０２８号をもって、森林法施行令第９条第２号に基づく研究機関として農林大臣の指定を受けた。
昭和47年10月 菌蕈研究所（３部９研究室）を鳥取市古郡家（平安期政庁の跡地）に新築・移転した。
昭和47年11月 全国椎茸普及会が文部大臣および農林大臣共管の農林大臣共管の財団法人となり、日本きのこセンターと改称した。
昭和48年 ３月 日本育英会法施行令第１９条第３項第７号の規定に基づく研究機関として文部大臣から指定を受けた。
昭和49年 7月 組織・機構を改め、5部11研究室とした。
昭和62年 10月 研究棟(229㎡)を増築した。
昭和63年10月 国際流動基礎研究外国人研究者（Science and Technology Agency Fellowship）受け入れ機関として科学技術庁の指定を受けた。
平成4年 7月 組織・機構を改め、3部7研究室、1室（電算室）とした。
平成 ６年11月 所長にカナダ国立北方森林研究所主任研究員平塚保之博士が就任した。
平成10年 １月 研究部室制を廃止し、プロジェクト制を採用した。
平成11年 ４月 本財団と鳥取大学は、「鳥取大学大学院農学研究科及び同連合農学研究科の教育・研究に対する連携・協力に関する協定」を結び、菌蕈研究所に「鳥取大学連携大学院（修士課程及び博士課程）」を開設した。
平成11年 ７月 菌蕈研究所が科学技術特別研究員受け入れ機関として科学技術振興事業団（科学技術庁）の指定を受けた。
平成17年 4月 鳥取大学農学部付属「菌類きのこ遺伝資源研究センター」との研究連携協力を開始した。
平成17年 4月 日本菌類専門学校の休校、シイタケ栽培の実践的後継者育成
のために「きのこ栽培担い手育成研修制度」を設置した。
平成17年 11月 所長に鳥取大学名誉教授の甲元啓介博士が就任した。
平成20年 1月 所長に福政幸隆博士（研究顧問）が就任した。